Επτά διαφορετικά είδη αμφιβίων υπάρχουν στο Δέλτα Έβρου. Σε θέσεις  με αρκετή υγρασία και νερά συναντάμε το λιμνοβάτραχο (Rana ridibunda) και τον ευκίνητο βάτραχο (Rana dalmatina). O δεντροβάτραχος (Hyla arborea) παρατηρείται συνήθως γαντζωμένος με τις βεντούζες του πάνω σε δέντρα ή στα φύλλα τους.

Συνολικά έχουν αναφερθεί 21 είδη από ερπετά, χελώνες σαύρες και φίδια στο Δέλτα. Σημαντικοί πληθυσμοί ερπετών απαντώνται τόσο στο νερό όσο και στην στεριά (ποταμοχελώνα, νερόφιδο, γραικοχελώνα, σαύρες, φίδια κ.λ.π.). Από τα κοινά ερπετά του Δέλτα είναι η γραμμωτή νεροχελώνα (Mauremys caspica) που υπάρχει σε μεγάλους αριθμούς τόσο στα γλυκά όσο και στα υφάλμυρα νερά καθώς και τα νερόφιδα του είδους Νatrix tessellata.