Το Δέλτα σχηματίζεται εκεί όπου ο ποταμός Έβρος εκβάλει στο Θρακικό πέλαγος.

Ο Έβρος είναι ο μεγαλύτερος ποταμός της Βαλκανικής χερσονήσου και ο δεύτερος σε μέγεθος ποταμός της Ανατολικής Ευρώπης. Χαρακτηρίζεται από το μεγάλο όγκο των νερών του και των φερτών υλών που μεταφέρει προς τις εκβολές. Πηγάζει από το όρος Ρίλα της Βουλγαρίας και εκβάλλει στο Θρακικό πέλαγος. Το συνολικό μήκος του ποταμού είναι 528 km. Από αυτά τα 310 km διασχίζουν τη Βουλγαρία, ενώ τα 218 km καθορίζουν τα σύνορα της Ελλάδας με τη Βουλγαρία και την Τουρκία. Η συνολική έκταση της λεκάνης απορροής του ποταμού είναι 53.000 km² εκ των οποίων: τα 35.085 km² (66,2%) ανήκουν στην Βουλγαρία, τα 14.575 km² (27,5%) στην Τουρκία, και τα 3.340 km² (6,3%) στην Ελλάδα.

Η έκταση της προστατευόμενης περιοχής ανέρχεται σε περίπου  200.000 στρέμματα.

Μέχρι και το πρώτο μισό του εικοστού αιώνα η μορφή του Δέλτα Έβρου παρέμεινε αναλλοίωτη. Μέχρι τότε, δηλαδή πριν την κατασκευή του βασικού αναχώματος και τη λειτουργία των αντλιοστασίων, μεγάλες εκτάσεις του δέλτα κατακλύζονταν με νερά. Ο κύκλος της διάβρωσης και της απόθεσης ανάμεσα στην θάλασσα, τον ποταμό και την ξηρά καθώς και η δράση των θαλάσσιων ρευμάτων κατά μήκος της ακτής διαδραμάτισαν τον κυριότερο ρόλο στη διαμόρφωση του δέλτα, το οποίο εξακολουθεί να παραμένει ένα δυναμικό σύστημα σε εξέλιξη. Ο φυσιολογικός αυτός κύκλος έχει σήμερα τροποποιηθεί λόγω των ανθρώπινων παρεμβάσεων στην ευρύτερη λεκάνη απορροής του ποταμού.

Τα φράγματα, τα κανάλια, οι τάφροι, τα αντιπλημμυρικά και τα αρδευτικά έργα που πραγματοποιήθηκαν στο Δέλτα Έβρου από το 1950 μέχρι και το 1980, με σκοπό την απόδοση εκτάσεων για καλλιέργειες, μείωσαν τις παροχές γλυκού νερού και περιόρισαν την ελεύθερη είσοδό του σε όλο το δέλτα, ενώ παράλληλα υποβοήθησαν την είσοδο του θαλασσινού νερού.

Από το 1956 άρχισε η εκτέλεση έργων στο Δέλτα (αναχώματα, ευθυγράμμιση, αποστραγγιστικά κανάλια, αντλιοστάσια) στο πλαίσιο του προγράμματος “Evros – Meric Project”, με σκοπό την αποξήρανση μεγάλων εκτάσεων για γεωργική εκμετάλλευση. Με την ολοκλήρωση των παραπάνω έργων το μεγαλύτερο μέρος των ελών και των υγρών εδαφών αποστραγγίστηκαν, ενώ μεγάλες ποσότητες γλυκών νερών διοχετεύονταν κατευθείαν στη θάλασσα με αποτέλεσμα τη μείωση του εμπλουτισμού του υδροφόρου ορίζοντα. Οι εκτεταμένες αποξηράνσεις που έλαβαν χώρα στην περιοχή τα επόμενα χρόνια και η προσπάθεια «ελέγχου» του ποταμού Έβρου με αναχώματα και ευθυγραμμίσεις της κοίτης του οδήγησαν στη συρρίκνωση και εξαφάνιση σημαντικών οικοτόπων και ειδών. Η πτώση της στάθμης του υδροφόρου ορίζοντα έχει σαν αποτέλεσμα να διεισδύει η θάλασσα, τόσο διαμέσου των καναλιών όσο και διαμέσου της αμμώδους επιφάνειας και να κατακλύζει μεγάλη έκταση του νοτίου Δέλτα. Οι προσπάθειες για αποξήρανση του Δέλτα δεν είχαν πλήρη επιτυχία στο να δημιουργήσουν καινούργια γεωργική γη εξαιτίας κυρίως της αλάτωσης των εδαφών στο νότιο-δυτικό Δέλτα.

Σήμερα, η μισή περίπου έκταση του υγροτόπου αποτελεί την Προστατευόμενη Περιοχή, ενώ πάνω από εκατό χιλιάδες στρέμματα έχουν αποξηρανθεί. Πολύ σημαντικές περιοχές έχουν αποδοθεί στην καλλιέργεια με αποτέλεσμα η αξία του υγροτόπου να έχει μειωθεί, ιδιαίτερα για την αναπαραγωγή των άγριων ζώων. Οι διηγήσεις για τα αναρίθμητα πουλιά που αναπαραγόταν στο Δέλτα του Έβρου (χήνες, ερωδιοί, πελεκάνοι, κύκνοι), τα ψάρια που άφθονα συλλεγόταν στα δίχτυα των ψαράδων και των άγριων θηλαστικών που πολυάριθμα τριγυρνούσαν τον υγρότοπο αποτελούν πλέον μόνο μακρινή ανάμνηση.

Παρόλη την υποβάθμιση η αξία του Δέλτα του Έβρου για την άγρια ζωή είναι μεγάλη, ιδιαίτερα για τα πουλιά, τα οποία αποτελούν πόλο έλξης για πολλούς επισκέπτες, μαθητές, επιστήμονες, παρατηρητές.